1985年新疆航空公司成立。目前已拥有12个机场。其中乌鲁木齐国际机场已成为中国第四大国际航空港。
　　新疆乌鲁木齐已与内地51个城市和6个国家和地区通航。已开辟了乌
鲁木齐至北京、上海、广州、深圳、福州、厦门、海口、哈尔滨、大连、青岛、济南、西安、郑州、杭州、重庆、武汉、成都、昆明、张家界、敦煌等55条国内航线。

南疆铁路西延工程的建成、为南疆阿克苏、克孜勒苏、喀什和兵团农一师、农三师的经济建设注入了活力、使南疆地区人民的经济生活发生了深刻的变化。兰新铁路西段又称之为北疆铁路、它东起乌鲁木齐、西与哈萨克斯坦的土西铁路接轨、全长460公里。该线于1985年5月1日正式复工、1990年8月铺轨到阿拉山口车站、1990年9月1日乌鲁木齐至阿拉山口全线通车、同年9月12日、兰新铁路西段于原苏联土西铁路在阿拉山口至德鲁日巴间接轨、第二座亚欧大陆桥全线贯通。设计运输能力1000万吨。1991年7月10日、中国乌鲁木齐铁路局与原苏联阿拉木图铁路局开办了临时国际货物运输业务、1992年6月23日、中国与哈萨克斯坦正式开办了国际旅客运输业务、1992年12月1日正式开办中哈国际货物运输业务。铁路运输是新疆交通大动脉的主体、兰新铁路、北疆铁路、南疆铁路连通天山南北、横贯大漠东西。每天都有乌鲁木齐至北京、上海等地的20多对列车始发对开。

截至2007年,新疆公路通车里程已达33484公里、比1978年增长40。6%。共有7条国道公路、全长8824公里、省道公路62条、全长6847公里、县道公路561条、全长11413公里、乡道公路332条、全长2676公里；专用公路122条、全长3724公里。拥有四车道高速公路170公里。